تنظم وزارة الثروة الزراعية والسمكية وموارد المياه استخدام المياه ليخضع استخدامها لضوابط تنظم استغلالها الاستغلال الأمثل بما يخدم خطط التنمية الشاملة للدولة، وتتضمن هذه الضوابط تحديد مناطق الحماية والأعمال التي يحظر مزاولتها وتحديد القواعد المنظمة لحفر الآبار وصيانتها واستخدام مياهها وصيانة الأفلاج وتمديدها، وإجراءات مراقبة وتقييم المياه للكشف عن حدوث أي تلوث مائي لاتخاذ الإجراءات والتدابير اللازمة للمعالجة واتخاذ ما يلزم للحد من حدوث تدهور في كمية ونوعية المياه في أية منطقة من مناطق سلطنة عمان. حيث توجد لائحتين تنفيذيتين " لائحة تنظيم الآبار والأفلاج " و" لائحة تنظيم استخدام وحدات التحلية على الآبار ".